Veřená zakázka

SEKVENOVÁNÍ VZORKŮ DNA/RNA HMYZU / Sequencing of insect DNA/RNA samples

Předmětem veřejné zakázky je sekvenování vzorků DNA/RNA hmyzu. Jedna sada vzorků se bude skládat ze čtyř dílčích sad vzorků, které poskytneme my jako zákazníci: Vzorový podsoubor 1) Šest celkových vzorků DNA hmyzu bude předloženo jako jedna dávka k sekvenování pomocí sekvenačních platforem a buněk PacBio Hifi Revio. Tři vzorky budou sekvenovány triplexně na jedné buňce, to znamená, že pro šest vzorků budou použity celkem dvě sekvenační buňky. Každý vzorek bude tvořen hmyzí DNA o vysoké molekulové hmotnosti (izolovanou pomocí soupravy MagAttract) s množstvím DNA 300-500ng ve 100-200 µl vody. Požadovaná služba spočívá v přípravě knihoven HiFi PacBio pomocí chemie SPRQ bez amplifikace celého genomu PCR, sekvenování na buňkách Revio PacBio a poskytnutí dat ze sekvenování HiFi prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online datového úložiště. Vzorový podsoubor 2) 96 vzorků DNA celého genomu hmyzu izolovaných pomocí soupravy Qiagen Blood & Tissue (nebo srovnatelné soupravy) s celkovým množstvím DNA alespoň 20 ng na vzorek bude předloženo jako jedna dávka 96 vzorků. Požadovanou službou je příprava knihoven Illumina a sekvenování s párovým koncem 150bp s minimálním výtěžkem sekvenačních čtení na vzorek 5 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky zaslaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat. Vzorový podsoubor 3) 24 vzorků celkové RNA hmyzu izolovaných pomocí soupravy ZymoResearch Direct-zol (nebo srovnatelné soupravy) s celkovým množstvím RNA nejméně 50ng na vzorek bude poskytnuto jako jedna dávka. Požadovanou službou je příprava knihovny RNAseq s obohacením o polyA a následné sekvenování Illumina 150bp s párovým koncem s minimálním výtěžkem sekvenování na vzorek 10 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat. Vzorový podsoubor 4) 96 knihoven Illumina připravených z celkové DNA hmyzu bude předloženo jako jedna dávka. Knihovny budou indexovány pomocí "NEBNext Oligos for Illumina 96 Unique Dual Index Primers Pair set 5" nebo srovnatelného systému Unique Dual Index. Požadovanou službou je kontrola kvality knihoven, sdružování a sekvenování Illumina 150bp s párovým koncem s minimálním výtěžkem sekvenačních čtení na vzorek 5 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Termíny:

• calendar_today 

  Datum zahájení zakázky:

  17.10.2024
• calendar_today 

  Lhůta pro podání nabídek do:

  27.01.2025