Veřená zakázka

Program na analýzu dat NGS

5.1. Předmětem plnění této veřejné zakázky je dodávka a 1ks Network (floating) floating licence pro 6 laboratoří včetně servisní podpory na 3 roky. 5.2. Network („floating“) licence musí obsahovat: • jedná se o tzv. "plovoucí licenci, kterou je možné využít na více počítačích v rámci jedné sítě; • možnost instalace na server, který je dostupný všem uživatelům v rámci sítě a uživatelé se o tuto licenci mohou střídat a využívat ji na střídačku ---> tedy jeden uživatel v čase (při jedné network licenci) • Software umožňuje uživatelsky jednoduché bioinformatické zpracování FASTQ dat • Software je kompatibilní se všemi dostupnými platformami (Illumina sekvenátory, IonTorrent/IonProton, GeneReader, Oxford nanopore i PacBio) • Software nabízí intuitivní uživatelské prostředí s grafickým rozhranním • Software zahrnuje nástroje pro QC (např. FastQC), filtraci a vizualizaci NGS dat a nabízí použití již předpřipravených workflow pro konkrétní aplikace. • Software umožňuje uživateli nastavení a kontrolu všech parametrů NGS workflow. • Software zahrnuje vyhodnocení resekvenace a analýzy variant, celoexomového sekvenování a mikrobiální metagenomiku, ChIP-Seq, epigenetické analýzy. • Software zahrnuje vyhodnocení dat z RNA-seq a smallRNA (miRNA, lncRNA) dat pro differenciální expresní analýzu na úrovních genu i transkriptu • Normalizace dat pro RNA-Seq je prováděna pomocí TPM, nebo jinou kvalitativně srovnatelnou metodou zajišťující přímé srovnání vzorků. • Software v rámci modulu diferenciální exprese umožňuje vzájemně porovnávat 2 a více vzorků. • Software data statisticky zpracovává a výsledky generuje do přehledně zpracovaných grafů, tabulek, a obsahuje nástroje pro jejich vizualizaci. • Software musí podporovat zobrazování mappingu a assembly • Software musí mít pravidelné updaty a možnost stažení nejaktuálnějších referenčních genomů • Software musí běžet na OS Windows a Linux • Software musí být schopen běžet offline bez připojení na internet • Software musí mít řádnou uživatelskou podporu v podobě dostupných tutoriálů, manuálů • Uživatelská podpora v podobě možnosti osobních konzultací, popř. telefonicky, emailem a nebo přes nástroje typu Webex či Skype s odbornými techniky

Termíny:

• calendar_today 

  Datum zahájení zakázky:

  12.10.2020
• calendar_today 

  Lhůta pro podání nabídek do:

  29.10.2020